Zoran Milanović je člana predsjedništva BiH Šefika Džaferovića nedavno nazvao “udbašem iz Zenice”, optuživši bošnjačkog člana vodstva susjedne države i da je u ratu bio „sponzorom mudžahedina“. Bila je to samo jedna u nizu Milanovićevih krajnje brutalnih izjava čiju pozadinu šira javnost baš i ne zna, kao ni ono na što aludira
Povezivanje Džaferovića s mudžahedinima i njihovim zločinima nije od jučer, a o tome se moglo najviše čuti tijekom unutarstranačkih sukoba u samoj SDA. Svojedobno je Mirsad Kebo, bivši potpredsjednik Federacije BiH, tužilaštvu BiH dostavio službene zabilješke u kojima je dokumentirana sumnja da je Šefik Džaferović 18. kolovoza 1994. godine, prilikom posjete oslobođenoj Vozući, bio udaljen samo deset metara od mjesta gdje su pripadnici odreda “El-Mudžahid“ odsjekli glavu civilu srpske nacionalnosti. U materijalima koje je bivši član SDA Kebo dostavio Tužilaštvu bili su i dokazi o djelovanju iranske tajne službe tijekom agresije na BiH, te fotografije kuće u zeničkom naselju Crkvice u kojoj je, prema dokumentima, djelovala iranska obavještajna služba koju su navodno često posjećivali Bakir Izetbegović i Šefik Džaferović. Džaferovićev potpis je navodno i na dokumentima kojima je nakon rata dodjeljivano državljanstvo BiH nekima od stranih dobrovoljaca-mudžahedina, prenosi Slobodna.
Šefika Džaferovića se, inače, smatra glavnim ključarem svih kriminalnih tajni dinastije Izetbegović zahvaljujući čemu je i dospio do funkcije bošnjačkog člana BiH predsjedništva. Kao jedan od tri nacionalistička ‘međeda’, kako ih naziva glumac Josip Pejaković, on je i čuvar poklopca nad Pandorinom kutijom bošnjačkih ratnih zločina. Put od načelnika SDB-a u Zenici pa do šefa bošnjačke tajne službe AID-a Džaferović je svojedobno iskoristio kako bi postao ključan suradnik Bakira Izetbegovića kroz zataškavanje slučajeva političkih ubojstava i ratnih zločina, pisao je svojedobno Dnevni avaz. Ovaj list je nabrojio 18 slučajeva ubojstava i misterioznih smrti u BiH koje nikad nisu rasvijetljene, a dvije ključne političke likvidacije dogodile su se za Džaferovićevog mandata u AID-u. To su slučajevi Nedžada Ugljena, bivšeg pomoćnika direktora AID-a, i Joze Leutara, federalnog doministra policije.
Ugljen je ubijen iz pištolja ispred svoje zgrade u Sarajevu 28. rujna 1996. Zanimljivo je da je Džaferović zajedno s tadašnjim tajnikom MUP-a RBiH Željkom Varunekom bio zadužen za razmjenu „zarobljenika“, odnosno polaznika i organizatora (anti)terorističkog kampa na Pogorelici koje su u veljači 1996. uhapsili vojnici IFOR-a. Tad je šef iranskog špijunskog punkta u BiH Ali Bajat, koji je bio nadređen iranskim instruktorima, pred Džaferovićem i Varunekom zaprijetio Nedžadu Ugljenu da će zbog upada jedinica IFOR-a u njihovu tajnu bazu kod Fojnice „platiti glavom“. Nedžad Ugljen je ubijen sedam mjeseci kasnije, Željko Varunek je umro 2013., a Šefik Džaferović je jedini živi svjedok sukoba pomoćnika direktora bošnjačke tajne službe i iranskih obavještajaca – objavila je svojedobno „Slobodna Bosna“.
Jozo Leutar je smrtno ranjen u atentatu izvršenom podmetanjem eksplozivne naprave 16. ožujka 1999. u Sarajevu, a podlegao je 12 dana kasnije. I s njegovom smrću povezuje se izdaleka Šefika Džaferovića: uoči smaknuća često je govorio da ga AID prati i prisluškuje, a optuživao je i grupu pripadnika odreda “El-Mudžahid” za bombaške napade 1997. i 1998. u Mostaru i Travniku. Početkom 1999. Leutar je navodno dobio i strogo povjerljive dokumente Interpola o tajnim računima SDA.